Hiện nay, huyện Ba Bể có khoảng 140ha diện tích nuôi trồng thủy sản trong đó có 108 ha diện tích ao nuôi tập trung chủ yếu ở các xã phía Tây của huyện như Nam Mẫu, Khang Ninh, Quảng Khê, Đồng Phúc….năng suất bình quân đạt 17,1 tạ/ha, sản lượng đạt gần 200 tấn. Có thể thấy, nuôi trồng thủy sản đang ngày càng phát triển theo hướng hàng hóa bền vững, các hộ nuôi trồng thủy sản đã chuyển từ phương thức quảng canh sang hình thức nuôi thâm canh và bán thâm canh. Đồng thời, nhiều hộ nông dân đã thay đổi đối tượng nuôi, đó là giảm diện tích nuôi giống cá truyền thống cho hiệu quả kinh tế thấp sang nuôi các giống thủy sản mới như: Rô phi đơn tính, cá lồng …cho hiệu quả kinh tế cao. Bên cạnh đó, các hộ nuôi trồng thủy sản đã chuyển từ sử dụng thức ăn tự chế sang thức ăn công nghiệp, áp dụng được các phương pháp xử lý môi trường ao nuôi như xây dựng hệ thống Biogas, kỹ thuật cải tạo ao nuôi, sử dụng vôi bột, chế phẩm EM, chế phẩm sinh học cho hiệu quả cao, bền vững, đồng thời hạn chế ô nhiễm môi trường.